As duas produzem resultados muito diferentes. Se você já tem seu negócio há algum tempo e não utiliza estritamente uma contabilidade de caixa, talvez você possa tentar das duas maneiras. Escolha um mês (ou um trimestre, se você não realiza muitas transações) e registre a entrada e saída de dinheiro durante esse período: pagamentos reais que você recebe e faz. Acrescente as colunas (entrada e saída) e subtraia o valor menor do valor maior. Você acaba de criar uma declaração de lucros e perdas com base em caixa para o mês (ou trimestre).
Agora, execute os números novamente, mas desta vez liste as quantias de notas fiscais e as vendas à vista (mas não pagamentos sobre NFs) e liste as NFs recebidas dos fornecedores e as compras feitas à vista por você (não liste os pagamentos feitos sobre notas fiscais). Acrescente as colunas e faça o cálculo. Você obterá um resultado diferente. Geralmente os contadores recomendam a contabilidade de exercício para uma visão mais clara de como o negócio está se saindo. Esta é uma das primeiras decisões que você deve tomar ao definir o sistema contábil.